En tiempos más recientes, la pesca se menciona por primera vez en el año 995 en un
documento de donación en el que la nobleza de Zadar donó al monasterio benedictino de San Krševan en Zadar puestos de pesca cerca de la isla de Molat y en la bahía de Telašćica en Dugi otok.

La pesca y el cultivo de pescados y mariscos han hecho famosa a la República de Dubrovnik, que ya en 1434 aprobó normas sobre el método de pesca y el método de producción y comercio de pescados y mariscos en salazón.

El uso de la luz en la pesca de pequeñas especies pelágicas, junto con el empleo de redes de arrastre en el Adriático, se mencionan en el estatuto de Dubrovnik del año 1272, y los registros más antiguos (1331) sobre la pesca del atún en el Adriático provienen de Pula.
Las ostras de Mali Ston formaban parte del menú de las cortes reales europeas. La cría de carpas y truchas apareció hace más de 120 años.

Los productores y pescadores croatas contribuyeron de forma significativa al desarrollo de técnicas y tecnologías tanto de pesca como de cultivo. La captura de especies pelágicas en los océanos floreció gracias a un invento que aún lleva el nombre de su constructor: jalador de red Puretic power block.

A finales de la década de 1970, Croacia fue uno de los pioneros en el desarrollo de la cría de lubina y dorada, y en 1996 los productores croatas dieron otro gran paso adelante: fueron los primeros del Mediterráneo en empezar a criar atún rojo del Atlántico en Kali en la isla de Ugljan (cerca de Zadar).