Le prime menzioni della pesca in queste aree risalgono al periodo della dominazione illirica e romana.
In tempi più recenti, la pesca viene menzionata per la prima volta nel 995 in un documento di donazione in cui la nobiltà di Zara ha donato dei posti di pesca vicino all'isola di Molat e nella baia di Telašćica a Dugi otok al monastero benedettino di San Krševan a Zara.

La cattura e l’allevamento di pesci e crostacei hanno reso famosa anche la Repubblica di Dubrovnik, che già nel 1434 approvò un regolamento sul metodo di pesca e sulle modalità di produzione e commercio di pesce e crostacei salati.

L'uso della luce nella pesca di piccole specie pelagiche, insieme all'uso di reti a strascico nell'Adriatico, è menzionato nello statuto di Dubrovnik del 1272, mentre le più antiche testimonianze (1331) sulla pesca del tonno nell'Adriatico provengono da Pola.
Le ostriche del Mali Ston facevano parte del menu delle corti reali europee. L'allevamento di carpe e trote è comparso più di 120 anni fa.

I produttori e i pescatori croati hanno dato un contributo significativo allo sviluppo delle tecniche e delle tecnologie di pesca e di allevamento. La pesca dei pesci pelagici negli oceani fiorì grazie a un'invenzione che ancora oggi porta il nome del suo costruttore: il blocco di potenza Puretic

Alla fine degli anni '70, la Croazia è stata uno dei pionieri nello sviluppo dell'allevamento di branzini e orate, e nel 1996 i produttori croati hanno fatto un altro grande passo avanti: sono stati i primi nel Mediterraneo a iniziare l'allevamento del tonno rosso atlantico a Kali, sull'isola di Ugljan (vicino a Zara).