U morskoj akvakulturi osnova ponude autohtone su vrste najkvalitetnije mediteranske ribe – komarča, lubin i plavoperajne tune.

Međutim posljednjih godina značajni napori se daju diverzifikaciji pa se tako iz hrvatskih uzgajališta mogu nabaviti hama (Argyrosomus regius), zubatac (Dentex dentex)  i  gof (Seriola dumerili).

Također sve veći značaj daje se bio proizvodnji,  prvenstveno brancina i orade.

U slatkovodnoj toplovodnoj akvakulturi dominantna vrsta je šaran. Kako se u hrvatskim ribnjacima riba uzgaja  u polikulturi, osim glavne uzgaja se i nudi više sporednih ili dopunskih ribljih vrsta npr amur (Ctenopharyngodon idella), glavaš (tolstolobik) sivi i bijeli  (Hypophthalmichthys nobilis, Hypophthalmichthys molitrix) , som (Silurus glanis), štuka (Esox lucius)  i smuđ (Stizostedion lucioperca) i neke druge komercijalno manje značajne vrste.

Od hladnovodnih vrsta u  Republici Hrvatskoj se najviše uzgaja  kalifornijska pastrva (Onchorhynchus mykiss). Osim kalifornijske pastrve uzgaja se još i potočna pastrva (Salmo trutta – Brown trout). Na tržište se šalje u težini od 250 – 400 g.

U zdanje vrijeme se sve više uzgaja i velika salmonizirana (losos) pastrva koja se uzgaja u hladnovodnim ribnjacima ali i na pojedinim morskim lokalitetima.